Une année a passée depuis la fin de la guerre et une paix fragileest conservée tant bien que mal entre les PLANTS et l'AllianceTerrestre.

Tout dégénère lorsque les derniers Gundam de ZAFT sont dérobés pardes inconnus. Suite à la bataille que ce vol a provoqué, le vaisseau leplus récent de la flotte de ZAFT, le Minerva, se lance à la poursuite des trois Gundam volés avec à son bord Shinn Asuka, pilote de l'un des seuls Gundams l'Impulse (ZGMF-X56S) ayant échappé au vol.

Peu après, il est rejoint par le pilote du Saviour Gundam(ZGMF-X23S), Athrun Zala, ancien soldat de ZAFT qui s'est réengagé dansl'armée aux côtés du dirigeant Dullindal des colonies PLANT. Maisl'organisation Blue cosmos, à l'origine de la guerre précédente, metson grain de sel et déclenche une guerre entre l'Alliance Terrestre etZAFT. Comment l'Archangel et son equipage vont-ils pouvoir mettre fin àcette guerre?

Cette série issue de l'univers Gundam reprend le scénario habituel des colonies contre la terre , du vol des Gundams ainsi que des humains « supérieurs ».

L'élément principal du scénario est la peur engendrée par des humains supérieurs, les Coordinateurs (Coordinator). Contrairement aux New-types dans la majorité des autres séries Gundam, les Coordinateurs ne sont pas une évolutionde l'être humain, mais des êtres génétiquement modifiés dès lafécondation de l'ovule par le spermatozoïde. Les Coordinateurs nesouffrent d'aucune maladie, ils sont plus forts physiquement, plus vitemûrs intellectuellement, plus rapides, etc.

Ces avantages ont créé un mouvement de peur parmi les humains « normaux », les Naturels (Naturals). Cela a mené à la création d'un groupe, Blue Cosmos,dont le but est l'anéantissement total des Coordinateurs . Suite à desattentats les visant, ces derniers se sont en grande majorité retirésdans les colonies spatiales de PLANT. Mais Blue Cosmos ne s'est pas contenté de cela : il a envoyé un missile nucléaire sur une colonie fermière.

Cet incident, connu sous le nom de Saint Valentin Sanglante adéclenché une guerre entre ZAFT (Zodiac Alliance of Freedom Treaty,l'armée des Coordinateurs) et l'Alliance Terrestre, dont les forcesarmées sont connues sous le nom de OMNI Enforcer. Mais unenouvelle arme de ZAFT, des véhicules de combats anthropomorphes appelésarmures mobiles, leur donne un avantage et malgré leur inférioriténumérique, la guerre dure depuis déjà onze mois au début de la série.

Le manga décrit les aventures de son goku, un jeune garçon naïf doté d'une queue de singe (qu'il perdra au cours de l'histoire) et d'une force extraordinaire. L'histoire commence lorsque son goku, qui vit tout seul dans une forêt, rencontre bulma, une jeune fille génie scientifique, qui recherche les sept boules légendaires appelées dragon balls . Dispersées à la surface de la terre, cesdragon balls, une fois réunies, permettraient l'apparition d'un dragon sacré  appelé sheron, qui exaucerait alors n'importe quel souhait . Amadoué, son goku se laisse convaincre d'aider bulma à retrouver les boules.

Au cours de ses péripéties, son goku ,qui n'était jamais sorti de sa forêt, sera amené à faire de nombreusesrencontres, amicales ou non, qui l'engageront à s'entraîner toujoursplus et à découvrir le monde. Après un apprentissage auprès de maîtrescomme kamé sening ou karin et un certain nombre de championnats, son goku sera confronté à son passé de sayen,une race d'extraterrestres belliqueux humanoïdes, et découvrira qu'ilavait été initialement envoyé sur Terre pour anéantir la race humaine.Cependant, il restera toujours le défenseur de la planète sur laquelleil a grandi. Toujours amené à combattre des ennemis de plus en plusforts (freezer, cell, boo, ...), son goku  finira par devenir l'un des combattants les plus puissants de lunivère et même de l'au-delà.